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Laboratoire

Laboratoires du Genoscope

DossierLaboratoire de séquençage


​​​​​​​​​​​​​L'équipe du laboratoire de séquençage s'implique dans la prise en main des projets à partir de la réception des échantillons jusqu'à la validation des séquences brutes.Le séquençage est assuré par des séquenceurs très haut débit de deuxième génération. Ces machines permettent d'atteindre un débit autorisant le séquençage de génomes entiers dans un intervalle de temps limité.

Les projets traités par le laboratoire de séquençage sont essentiellement de grands projets acceptés suite aux appels d'offres Genoscope et, plus récemment depuis 2012, aux appels d'offres France Génomique "Grands Projets de Séquençage option Biodiversité".  Le laboratoire de séquençage prend également en charge tous les projets propres dont les porteurs de projet des équipes scientifiques du Genoscope.

Les projets actuellement développés concernent un large panel d'organismes, par exemple :

- Reséquençage : champignon unicellulaire comme la levure (Saccharomyces cerevisiae) ou organisme végétal comme le riz (genre Oryza),

- Séquençage de novo de protiste (Paramecia), d'organisme animal comme la limnée (genre Lymnaea) ou d'organisme végétal comme le blé (genre Triticum),​

- Séquençage de transcriptomes d'organismes eucaryotes comme le chêne (genre Quercus),

- Projets de métagénomique et de métatranscriptomique (projets Tara Océansbiodiversité des sols français)

​- Projets​ de séquençage du Génome de la truffe noire du Périgord, du génome d'Ectocarpus.​

- ​1002 génomes de levuresbiodiversité des ​plantes alpines.​

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Publié le 6 septembre 2017