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Le génome de la truffe du Périgord

Publié le 29 juillet 2016

​La Truffe noire du Périgord (Tuber melanosporum Vittad.) est un champignon symbiotique appartenant aux Ascomycètes (Pezizomycota, Pezizomycetes, Pezizales, Tuberaceae).

Lors de son interaction avec les arbres, son réseau mycélium souterrain entoure les racines courtes et induit le développement de l’ectomycorhize. Cette association à bénéfice réciproque favorise la croissance et la bonne santé des arbres hôtes et présente donc un rôle important dans le fonctionnement des forêts des régions calcaires de l’Europe méditerranéenne. La symbiose est indispensable afin d’initier la production des corps fructiféres, ou tru​ffes, qui sont récoltés depuis des siècles pour leurs propriétés organoleptiques. La Truffe du Périgord est une valeur sûre de la gastronomie européenne. Les truffes font partie du patrimoine gastronomique et culturel de plusieurs régions en Europe, comme le Périgord, le Quercy, le sud-est de la France ; le Piémont, les Marches en Italie ; la province de Teruel en Espagne.​

Le cycle de vie des truffes

La phase saprotrophique du mycélium truffier est caractérisée par la germination des spores dans le sol et le développement d’un réseau d’hyphes souterrain. Lors de sa rencontre avec les racines des arbres, ceux-ci forme les mycorhizes. La phase reproductive commence au début de l’été par l’agrégation de deux hyphes pour donner le primordium fructifère l’ascocarpe. Durant cette phase se produit la caryogamie et la formation des ascospores. La maturation se poursuit jusqu’à la fin de l’automne, période optimale de la récolte des truffes par les « caveurs ».


L’évolution de la symbiose mycorhizienne

Au cours de l’Evolution, la symbiose ectomycorhizienne s’est développée au sein de nombreux groupes de champignons ascomycètes et basidiomycètes. Le séquençage du génome de la Truffe du Périgord et son analyse permettra de rechercher d’éventuelles signatures moléculaires au sein du génome des diverses espèces de symbiontes.

Le Consortium franco-italien sur le Génome de la Truffe

Le projet de séquençage du génome de la Truffe du Périgord a été initié par l’UMR Interactions Arbres/Micro-organismes de l’INRA-Nancy. Son financement a été approuvé par le Conseil Scientifique du Genoscope en 2005. En 2006, un consortium franco-italien s’est constitué afin d’annoter et caractériser le génome séquencé.​

​Séquençage aléatoire global

Le séquençage et l'assemblage du génome de T. melanosporum repose sur une stratégie de séquençage aléatoire à haut débit.

L'ADN génomique a été extrait de la souche haploide Mel28, fragmenté et cloné dans des vecteurs plasmidiques. Plus de 1 280 000 séquences génomiques ont été assemblées (couverture de 10X) à l'aide du programme ARACHNE. L'assemblage final contient 125 Mpb (398 supercontigs, N50= 637 kb).

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Contact : Patrick Win​​cker : pwincker .. At .. Genoscope.cns.fr (Genoscope) - Francis Martin : fmartin.. At .. nancy.inra.fr (INRA)